Pause позволяет остановить выполнение Bat-файла до нажатия клавиши на клавиатуре. Это может быть полезно, например, если Вы хотите, чтобы пользователь подтвердил выполнение какого-то действия нажатием на клавишу. То есть, что он в своем уме и осознает, что происходит.

Приостановка выполнения пакетного файла и вывод сообщения:
Нажмите любую клавишу....
PAUSE

Смотрим пример, который копирует файл на дискету.

echo off
cls
echo  insert disk to A:
pause
copy 1.txt a:

В момент выполнения программа остановится.

А после нажатия скопируется. Но на экране останется окно.

Если Вы не хотите чтобы оно было, вызовите последней командой cls

.....
copy 1.txt a:
cls

И после копирования оно пропадет.